El colegio funcionó casi dos siglos hasta su cierre definitivo en 1840.

Del edificio construido para albergarlo, sólo se conserva la portada, algunos relieves y muros, incorporados a una construcción de mediados del siglo XX.

[3]​ Sin embargo, los mercedarios no cumplieron con la disposición, ante lo cual el virrey duque de Alburquerque los conminó a la fundación del Colegio y el cumplimiento de las disposiciones del obispo Enríquez de Toledo.

[3]​ A mediados del siglo XVIII fue necesario rehacer el edificio, el cual fue terminado en 1754, fecha que aparece en el dintel de la portada; a principios del siglo XIX fue agregado al Colegio de San Juan de Letrán al no poderse sostener con sus recursos.

El edificio fue declarado monumento histórico el 9 de febrero de 1931,[1]​ sin embargo en la misma década fue demolido para construir un edificio destinado a vivienda para personas de escasos recursos, del antiguo edificio solo se conservó la portada con el escudo de armas de su fundador[4]​ y algunos muros, integrados a la nueva construcción.