La cabecera municipal, Cojumatlán, se encuentra en las coordenadas de 20°07'00" latitud norte y a 102°50'00" longitud oeste.
Además constituyen su afluente en tiempo de lluvias, los riachuelos: Agua Caliente, Palo Colorado y Puerto del Rayo que confluyen al lago.
El clima del municipio es templado, con lluvias en verano, tiene una precipitación pluvial anual de 800 milímetros cúbicos y temperaturas que oscilan entre los 10.4 a los 25.4 °C.
Es de considerarse importante la vegetación arbusiva, tipo cerril y comestible como: guamichil, pameas, ubalanos, ayoyote, zalate, zapote.
La fauna la integran principalmente aves, reptiles, mamíferos, peces e insectos característicos de las regiones neártica y neotropical.
Entre las aves de las riberas del lago se encuentran las garzas gallaretas, pato, pelícano, tindío, gaviota, halota, chichichuilota.
La cercanía con el lago de Chapala hace que se capturen especies marinas como los peces: bagre, carpa, tilapia, charal, cuchillo, pescado blanco, sardina, huachinango, popocha, y otras variedades.
Caldo de pescado, la hueva conocida internacionalmente como caviar, charal empanizado, carnitas, birria, antojitos mexicanos, lácteos