Fue fundado en 1967 y juega actualmente en la Regional Preferente de La Rioja.
No regresó el equipo amarillo a Tercera División hasta la temporada 2005-06 donde logró su mejor puesto en la clasificación, 14º.
Posteriormente se convirtió en un equipo habitual de la Preferente con presencias puntuales en la Tercera División en las temporadas 2012-13 y 2016-17.
Calahorra a 2ªB dejó una vacante en Tercera División que le fue asignada al equipo de Murillo de Río Leza al haber finalizado en 4ª posición (Primera plaza sin ascenso) en la Regional Preferente.
Juega actualmente en El Rozo que cuenta con una nueva grada para aproximadamente 2000 personas.