Al año siguiente, sus trabajadores decidieron fundar una institución deportiva que los representase, teniendo su sede en Peñaflor, y decidieron bautizarla en honor al fundador de la industria, Tomáš Baťa.
[1] En el año 1950 fueron invitados a participar en la División de Honor Amateur, torneo en que se clasificó como campeón en 1951.
[3] Sin embargo, Thomas Bata, en su calidad de campeón de la segunda categoría, no ascendió a la Primera División de Chile, porque la empresa Bata no contaba con los recursos para competir en la máxima división y rechazó la promoción, siendo el único caso en la historia del fútbol profesional chileno de un equipo que ha renunciado a ascender.
En 1988, Thomas Bata ganó la edición de ese año y ascendió a Tercera División, en la cual tuvo una fugaz participación de dos años, destacando su positiva actuación en el campeonato de 1989, clasificando a la liguilla o hexagonal final, en la que Lozapenco fue campeón.
A fines del año siguiente, el club decidió volver a su asociación local (Asociación de Fútbol Independiente de Peñaflor) en la que sigue participando.