En la campaña 51/52 la Federación Balear configura un grupo único y aumenta a trece los participantes, proclamándose CD Llosetense Campeón.
Sin nadie al cargo, el CD Llosetense no es inscrito para competir en la siguiente edición de Liga.
La campaña siguiente, 65/66, presenta una nueva cara con cuatro grupos en Primera Categoría, experimento que no obtiene éxito y es descartado volviendo al sistema anterior.
El CD Llosetense es quinto en el Grupo B, siendo tercero en la edición 66/67 bajo la presidencia de Guillermo Ramón Oliver quien seguirá en el cargo unos años más.
El conjunto blanco, presidido por Bartolomé Coll Torrens, finaliza séptimo en el Grupo B concluida la temporada 70/71 y cuarto en la campaña 71/72 dentro del Grupo A, consiguiendo pasar el corte establecido por la Federación Balear para ingresar en Regional Preferente, nueva categoría intermedia entre la Primera Regional y la Tercera División, establecida como consecuencia del gran aumento de sociedades dedicadas al fútbol.
Abatido por los malos resultados, el club del Raiguer es decimotercero en la campaña 93/94 y decimoctavo en la 94/95, descendiendo un escalón más hasta ver en Primera Regional, una categoría que no ocupaba desde bastantes años atrás.
Si negativa resulta la década anterior, más tortuosa si es posible será la que da comienzo al nuevo siglo.
El CD Llosetense se ve atrapado en un momento que causa preocupación entre los aficionados, no consiguiendo acercarse a los primeros lugares y, muy al contrario, rondando la zona peligrosa de la tabla clasificatoria.
Tras ser octavo en la temporada 01/02 y decimoquinto en la siguiente 01/02 donde se roza el drama del descenso, en las ediciones siguientes fluctuará entre la zona acomodada y la zona baja hasta culminar el descenso a Segunda Regional durante la temporada 05/06, una pérdida de categoría terrible que provoca la reacción del aficionado local.
En la edición 08/09 termina subcampeón tras el CD Esporlas, accediendo a la Promoción de Ascenso donde pasa las dos eliminatorias que le presentan: primero ante el CD S'Horta de Felanich, y luego ante el CF San Rafael, consiguiendo el tercer ascenso consecutivo, ahora en Tercera División.
En esta categoría inicia su tercer ciclo, el más longevo de su historia, consiguiendo ser decimocuarto en la campaña 09/10, un buen broche para una remontada espectacular en pocos años.
En la temporada 10/11 finaliza en quinto lugar tras un gran torneo, escapando la Promoción de Ascenso por un solo punto y quedando a cuatro del líder, el CD Manacor.
Su sustituto fue un entrenador veterano y muy respetado en todas las Islas Baleares, Nico López Vidal, el cual trajo a muchos jugadores de gran nivel, e intentó hacer el equipo más competitivo posible.
En las 2 temporadas siguientes, el nivel mejoró pero en la tabla clasificatoria el resultado fue de media tabla, sin gloria ni pena.La temporada 2020-21, marcada por el Covid-19 y por un sistema diferente al habitual en la liga, fue un cambio en la dirección deportiva del club, y se ficharon jugadores de mucho nivel.
La misma, se jugó en la ciudad deportiva del Real Mallorca,y el Llosetense se enfrentó al CD Manacor, el partido acabaría en derrota para el equipo de Nico López.Para la temporada 2022-23, a pesar de tener un buen grupo,el resultado fue quedar en media tabla.En esta temporada 2023-24, Nico López afronta su noveno año con máxima ilusión, quedando en la posición 9.