[3]​ De esta unión nacieron cuatro hijos: Clemente, Santiago, Federica y Victoria.

En el ámbito empresarial fundó el año 1999 el sitio web Sustentable.cl, firma de gestión y asesoría ambiental.

El año 2003, el presidente Ricardo Lagos lo designó como subsecretario de Obras Públicas, cargo que ejerció hasta 2005.

Durante octubre de 2019, Clemente Pérez fue objeto de controversia pública al opinar, como expresidente del Metro, respecto a las protestas que realizaban estudiantes al interior del ferrocarril suburbano.

En una entrevista en el noticiario 24 horas, Pérez minimizó las protestas calificándolas de «más bien tonta[s]» e indicando que el movimiento «no prendió».

[14]​ Pérez no resultó electo, obteniendo 3.025 sufragios, correspondientes al 0.79% de los votos válidamente emitidos.