Aunque las clasificaciones filogenéticas son las basadas en el tipo de proteínas, ácidos nucleicos y ciclo replicativo.
En contraposición con los seres vivos que tienen un único origen común, los virus tienen múltiples orígenes evolutivos.
Según análisis filogenéticos se originaron en varias ocasiones a partir de ancestros diferentes o distintos eventos genómicos.
Se ha sugerido las siguientes razones para no considerar a los virus como vivos y excluirlos del árbol de la vida:[1] 2.
Si bien la vida celular tiene un origen único y común, los virus son polifiléticos: tienen muchos orígenes evolutivos.
Por esto, se ha sugerido que los virus han influido en la evolución de las células al donar nuevos genes.
Una visión de la evolución es que es un proceso por el cual los organismos simples se vuelven más complejos.
Al igual que la clasificación de Baltimore basada en el genoma, los virus también se pueden clasificar basándose en su forma morfológica que puede ser icosaedra o esférica, helicoidal o filamentosa, ovoide, inusual (forma no encontrada en la mayoría de los virus) y sin cápside: David Baltimore, biólogo ganador del Premio Nobel, diseñó el sistema de clasificación que lleva su nombre.
El genoma vírico debe atravesar la envoltura nuclear de la célula para acceder a esta maquinaria.
Los virus ARN se pueden clasificar en unos cuatro grupos según su modo de replicación.
La polaridad del ARN (si puede ser utilizado directamente o no para producir proteínas) determina en gran medida el mecanismo de replicación, y si el material genético es monocatenario o bicatenario.
[15] Estos virus infectan bacterias específicas uniéndose a moléculas receptoras de superficie y entrando en la célula.
En un periodo corto de tiempo (en algunos casos en unos minutos), las polimerasas bacterianas empiezan a traducir ARN vírico en proteína.
Estas enzimas, llamadas endonucleases de restricción, fragmentan el ADN vírico que los bacteriófagos introducen en las células bacterianas.
Al igual que los bacteriófagos infectan bacterias, algunos virus se replican dentro de las arqueas.
Esto incluye virus con formas ya conocidas en las bacterias y eucariotas y otros con una variedad de formas inusuales, como botellas, barras con un gancho o incluso lágrimas que no parecen tener relación evolutiva con otros virus, estos últimos han sido descritos en mayor detalle en los termófilos, en particular los órdenes Sulfolobales y Thermoproteales.
[20][21] Los virus protistas pueden infectar a diversos organismos eucariotas primitivos como algas, protozoos, mohos mucilaginosos y pseudohongos.
Los protistas se destacan por albergar los virus más grandes conocidos que infectan principalmente amebas y mohos mucilaginosos.
En consecuencia, los síntomas solo pueden aparecer cuando ciertas condiciones del sistema virus-hongo cambian y se desequilibran.
Cuando están infectadas, las plantas a menudo producen desinfectantes naturales que matan los virus, como el ácido salicílico, el óxido nítrico y moléculas reactivas de oxígeno.
[28] Los animales de compañía (como perros, gatos y caballos), si no se les vacuna, son susceptibles a infecciones víricas graves.
El parvovirus canino es causado por un pequeño virus ADN y las infecciones a menudo son fatales en los cachorros.
Muchos virus asociados a huéspedes distintos son virus de hongos que a la vez se encuentran asociados con plantas como Alphaflexiviridae, Betaflexiviridae, Tymoviridae y Amalgaviridae, o protistas como Totiviridae, Narnaviridae, Mitoviridae y Fusariviridae.
Los priones también están reconocidos por el ICTV pero se les asigna una clasificación no taxonómica aparte.
Sin embargo, algunos virólogos luego objetaron el posible cambio del sistema de nombres, argumentando que el debate se produjo mientras que muchos en el campo estaban preocupados debido a la pandemia de COVID-19.
Por tanto, la relación virus / especie representa la primera línea de la interfaz entre biología y lógica.
Los criterios reales utilizados varían según el taxón y pueden ser inconsistentes (umbrales de similitud arbitrarios) o no relacionados con el linaje (geografía) en ocasiones.
Actualmente el ICTV reconoce en su taxonomía, aparte de los virus a los viroides, virusoides y satélites.
El ICTV define viroide y su clasificación de la siguiente manera: El ICTV define satélite/virusoide y su clasificación de la siguiente manera: Los virus, viroides y virusoides/satélites tienen una historia evolutiva aliada a los elementos genéticos móviles no virales por lo que pudieron dar origen a algunos de ellos, pero también los elementos genéticos móviles no virales pudieron originar a ciertas entidades virales.
A continuación se especifican los dominios virales de acuerdo con sus características y evolución, según lo expuesto por sus promotores.