En 1828, adquirió la categoría de ciudad y su nombre actual, en honor al general Zenón Fernández que era originario del lugar.
El sitio donde hoy se encuentra Ciudad Fernández es el mismo lugar donde en 1607 entran a pie a la comarca de Río Verde fray Bautista de Mollinedo y Fray Cárdenas.
Estos naturales comían raíces y frutas silvestres a pesar de abundar pescados en el río verde, vivían en grutas y peñascos.
Se acordó establecer la fundación en un paraje llamado Santa Elena que se hallaba en un ojo de agua dulce, conocido como El Ojito.
En Ciudad Fernández existen dos oficinas administradoras de correo y telégrafo.
Enchiladas fernandenses, Barbacoa, Asado, Chorizo, Tamales, Cecina, Gorditas de horno, Migadas, Aguamiel.