Pero la doctrina afirmada desde el Concilio de Calcedonia sostenía que tenía dos naturalezas: la divina y la humana.
A su muerte en 481 sería sucedido por el obispo ortodoxo Juan I Talaia, que después de haber ofendido a Zenón, fue sustituido en el 482, por Pedro Mongo, de tendencias monofisitas.
Ante estas perspectivas de división del imperio, Zenón buscó un medio para conciliar a las partes y unificar la Iglesia, pidiendo ayuda al patriarca de Constantinopla, Acacio, que tenía una posición favorable a la ortodoxia.
La Iglesia de Roma consideró que el documento era inaceptable y totalmente rechazable.
Félix, después de haber oído hablar de esto a los monjes Acoemeti en Constantinopla, celebró un sínodo local en la basílica Laterana en el año 484 en la que denunciaba sus legados y depuso y excomulgó a Acacio.
En el decreto de excomunión se exponía que Acacio había pecado contra el Espíritu Santo y la autoridad papal (Habe ergo cum his... portionem S. Spiritus judicio et apostolica auctoritate damnatus).