En 2000, fue elegido diputado al Parlamento Regional de Renania del Norte-Westfalia, desempeñándose en este cargo hasta 2009.

En 2007 también se convirtió en miembro de la Junta Ejecutiva del FDP a nivel federal.

[4]​ En las elecciones, el FDP recibió el 8,6% de los votos,[5]​ superando todas las expectativas.

[6]​ Linder fue elegido nuevo presidente del FDP en 2013, tras la dimisión del hasta entonces presidente Philipp Rösler después de las elecciones federales de 2013,[7]​[8]​ en las que el FDP no pudo superar el obstáculo del 5% necesario para entrar en el Bundestag, por primera vez desde 1949.

En estas últimas, el FDP logró volver a entrar al Bundestag con más de un 10% de los votos, y Lindner fue elegido nuevamente como diputado.