Por su ubicación aproximadamente a 2000 metros del Parque nacional El Guache, los alrededores del Chorro San Miguel son ricos en especies vegetales y animales.

La cascada está rodeada por bosque lluvioso, influenciada por la Cordillera de los Andes, la topografía es muy accidentada e inclinada inclusive en el trayecto que conduce a la cascada.

Otra flora reportada incluye:[2]​ La fauna, aunque diversa, es escasa.

Los mamíferos característicos de los bosques lluviosos: cachicamos, lapas, mapurites, picures, puercoespín, ardillas, rabipelado, ratones, murciélagos.

Otros animales reportados incluyen:[2]​ Por su cercana asociación con el Parque nacional El Guache, la intervención de la región por asentamientos humanos y parcelas agrícolas así como la falta de presencia institucional, vigilancia e infraestructura, amenazan críticamente a la integridad biológica de los alrededores del Salto San Miguel.