[2] También están relacionados con los hongos verdaderos (reino Fungi), aunque no se los considera sus parientes más cercanos.[1] Habitan todos los ambientes acuáticos, aunque su presencia es más notable en los mares fríos y polares.Presentan un polo de fijación o pedúnculo, por el que se pueden unir al sustrato.Algunos coanoflagelados forman colonias, que en el caso de los géneros Spongomonas o Proterospongia forman un conjunto bastante organizado, con cierta especialización de las células que hace pensar en una pequeña esponja extremadamente sencilla.Es uno de los detalles que permiten unir a los animales (y coanoflagelados) con los hongos en un grupo mayor llamado Opisthokonta (opistocontos), como puede comprobarse en el siguiente cladograma:[7][8][9] Cristidiscoidea Fungi Mesomycetozoa Pluriformea Filasterea Choanoflagellatea Animalia † Arqueocitos coloniales † Arqueocitos coloniales ¿Ctenophora?
Morfología de un coanoflagelado. A la izquierda un corte: Núcleo (en azul), vesículas, almacenaje (en blanco), vacuola alimentaria (verde claro), retículoER (amarillo claro), Golgi (en violeta), Flagelo (en verde), collar de microvellosidades (amarillo). A la derecha vista 3D del extremo móvil: microtúbulos (en gris), cuerpo basal no flagelar (naranja), anillo microtubular (rojo), Flagelo en verde.
Estructura 3D de Coanoflagelado desde la superficie (izquierda), hacia la profundidad.
