El sitio fue ocupado inicialmente entre 50 a. C. y 350 d. C., una larga tradición que da inicio en el Protoclásico, así lo ejemplifican algunos fragmentos de estela con diseños del llamado “estilo Izapa”.

[3]​ Su cronología se conoce gracias a estudios realizados sobre su alfarería recobrada en una sección del sitio.

Sin embargo, la arquitectura presenta evidencias de contactos y relaciones con otros desarrollos culturales del área.

Otros elementos, como la cerámica policroma y las figurillas, tienen una distribución mucho más amplia.

[2]​ Fue mencionado por vez primera por el sabio alemán Eduardo Seler, cuando hizo una visita al lugar a fines del siglo XIX.

En 1969, el director del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) Guillermo Bonfil, exploró el lugar.

[6]​ Es un sitio maya, que se adaptó a una serie de colinas calcáreas, su emplazamiento dominando la zona lacuestre, los amplios llanos comitecos.

Chinkultic es uno de los pocos lugares con abundantes inscripciones jeroglíficas del Período Clásico Tardío.

[6]​ El primer núcleo está formado por un basamento piramidal escalonado que se localiza al este del conjunto, el cual no ha sido aún explorado.

El segundo núcleo ocupa una posición más central y consta de tres basamentos.

En su fachada sureste se desplanta una escalinata central limitada por alfardas y un altar adosado al centro, cubre los primeros escalones.

Tres de sus lados, son cerrados por graderías que vienen a conformar un verdadero anfiteatro.

[7]​ La parte alta de la colina se encuentra adaptada con terrazas y plataformas bajas.

Se conserva únicamente parte del cuerpo debido a que la fachada colapsó al interior de la plaza.

La distancia entre ambas columnillas es de 1.13 m y están orientadas con dos pequeños altares monolíticos situados en los niveles descendentes a la plaza.

Es notable el conjunto de estelas en relieve con representaciones de personajes ricamente ataviados e inscripciones jeroglíficas; en su mayoría proceden del este del Conjunto C y cronológicamente se sitúan en el Periodo Clásico Tardío.

Se localiza al oeste del Conjunto C, está adosado a una colina cuya parte frontal fue terraceado y cubierto de cantera.

Los especialistas lo clasifican dentro del tipo cerrado; tiene forma de dos "T" unidas por la base.

Cuenta con decoración modelada en estuco y en los momentos más tardíos se presenta la combinación de un ataúd coronado por una gruesa moldura.

El cenote "Agua Azul" y las lagunas "Chanujabab" y "Tepancuapan", jugaron un papel importante en el sitio, no sólo desde el punto de vista del aprovisionamiento del agua, sino también por el sentido religioso que tenían.

Los objetos eran arrojados desde cualquier punto del borde de la acrópolis, o eran depositadas en nichos subacuáticos por individuos.

En las estelas también se ven individuos ataviados con los mismos símbolos: una media anteojera enrollada sobre la frente, tocados en forma de venados muertos y pieles de jaguar alusivos a la noche (el jaguar es el animal que transporta al sol en su viaje por el inframundo), etcétera.

El sacrificio humano, a veces atestiguado por la iconografía, era práctica corriente, como lo probaron las investigaciones realizadas en 1970 en el cenote del sitio.