Nacido en el seno de una familia de larga tradición en la marina británica e hijo él mismo del almirante Sir Walter Stirling, se unió a la Royal Navy y en 1783 era ya capitán.

Las órdenes de Stirling especificaban que debía relevar a Popham en el mando.

Cuando estalló la guerra con Estados Unidos, en septiembre de 1812 fue puesto bajo el mando del almirante Sir John Borlase Warren.

Stirling apeló en julio y si bien recuperó su status como oficial de bandera y el derecho a seguir recibiendo el tratamiento de Senior Vice Admiral of the White no consiguió regresar al servicio activo.

Charles Stirling aparece como personaje en el libro Master and Commander de Patrick O'Brian.