Su primera esposa fue Constance de Clyver Edson, violinista clásica y profesora; se divorciaron en 1927.[6] Tuvieron tres hijos, Charles III (1912-2002), astrónomo,[7] John (1914-2010), educador, y Pete (1919-2014), un cantante de folk.Con ella tuvo cuatro hijos: Mike (1933-2009), Peggy (n. 1935), Barbara y Penny (1943-1993).[8] Es conocido, entre otros motivos, por su formulación del contrapunto disonante.Según el etnomusicólogo Bruno Nettl, "Seeger jugó un papel único y central al vincular la musicología con otras disciplinas y dominios de la cultura.
Charles Seeger, su primera esposa, Constance, y sus tres hijos en un viaje de campamento (23 de mayo de 1921).
