[1] Los franciscanos construyeron inicialmente un templo de adobe y paja en 1548, para posteriormente edificar el complejo que actualmente conforma el Museo.
[4][5] La edificación a la rivera del Río Choqueyapu dio origen al llamado barrio de indios[3] que se encontraba dividido por el río de la plaza del cabildo y el área ocupada por los colonizadores.
[1] Entre 1965 y 2005, se realizaron diferentes restauraciones a la edificación, habilitándose parte del convento como museo,[1] algunos autores remontan la inauguración del museo hasta octubre de 1948.
Durante el siglo XVIII, el conjunto arquitectónico fue remodelado por completo; comenzando en 1743 las fundaciones de la actual iglesia, gracias a Don Diego Baena y Antípara, quien asume los gastos de la obra.
[2] Se cree que el primer convento, entre 1549 y 1612 estuvo ubicado en esta plataforma elevada sobre la rivera del Río Choqueyapu; en la actual galería sur su puede observar el piso empedrado y en la sala Misión Franciscana una habitación con el piso de ladrillo.
El recorrido museográfico permite apreciar sillería de madera de cedro y un órgnao en el espacio central del Coro, donde se realizaban las oraciones diarias y se practicaba el canto litúrgico.
La exhibición del Museo permite también apreciar los libros cantorales, las custodias, cálices copones, resplandores y prendedores, así como un conjunto de vestimentas litúrgicas.