Cebador
[cita requerida] Se necesita un cebador porque la mayoría de las ADN polimerasas, enzimas que catalizan la replicación del ADN, no pueden empezar a sintetizar una nueva cadena de ADN de la nada, sino que solo pueden añadir nucléotidos a una hebra preexistente.
Después de eso se repite el ciclo para cada nucleótido en el cebador.
Por esta razón, la mayoría de laboratorios no construyen los cebadores sino que los compran a empresas especializadas.
[cita requerida] En la reacción en cadena de la polimerasa se usan cebadores para determinar el fragmento de ADN que se amplificará en el proceso.
La longitud del ADN de un solo filamento se mide en bases o nucleótidos, y son iguales al inicio y al final del fragmento de ADN que va a ser amplificado.
[cita requerida] Se trata de secuencias sintéticas de oligonucleótidos que se usan para reconocer por apareamiento complementario secuencias blanco en ADN de plantilla (en inglés, DNA template), que consiste generalmente en ADN genómico.
Generalmente, se usa un par de cebadores en PCR para definir los extremos del producto que va a amplificarse, y a partir de ellos la ADN polimerasa utilizada inicia la polimeración en dirección 5'-3'.
[cita requerida] Por ejemplo, si se tiene la siguiente secuencia de ADN de cadena doble a partir de la cual se pretende amplificar por PCR un fragmento cuyos límites están indicados por el símbolo de mayor o menor, los primers a utilizar podrían ser como los siguientes: Cebador reverso (en inglés, reverse primer), que sintetizará la cadena complementaria: 3’-tcctgcgatctagct<-5’ ...5'-aggaggcgagatgtcgagtcggatcgaccagagcgacccacacaggaccaggacgctagatcga-3'... ...3'-tcctccgctctacagctcagcctagcaggtctcgctgggtgtgtcctggtcctgcgatctagct-5'... 5’->gaggcgagatgtcgga-3’ Cebador hacia adelante (en inglés, forward primer) +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ <-Secuencia amplificada Nótese la direccionalidad del oligo, que corresponde a la situación química del azúcar y el grupo fosfato en la base nitrogenada final e inicial.
Este es un ejemplo para mostrar el fundamento del funcionamiento de los cebadores; como tal, no se han considerado aspectos del diseño del cebador tales como la termodinámica del apareamiento, la especificidad de la amplificación o la interferencia de reacciones de interacción entre primers o intramoleculares (estructuras como bucles internos en la misma cadena).
[cita requerida] Para calcular las secuencias óptimas de los cebadores considerando los aspectos mencionados anteriormente, suelen utilizarse algoritmos que calculen dichos factores conjuntamente y deducir la secuencia que probablemente apareará más eficientemente con el ADN blanco.
La temperatura de derretimiento requerida aumenta con la longitud del cebador.
Los cebadores que son demasiado cortos se anexarían en diversas posiciones en una larga plantilla de ADN, lo cual llevaría a copias no específicas.
Rápido y sencillo para cebadores con más de 13 nucleótidos.
Un cebador no debería anexarse fácilmente a sí mismo u otros de su tipo, con lo cual se producirían bucles o pinzas.
Esto podría entorpecer la anexión con la plantilla de ADN.
Estos en realidad son mezclas de cebadores similares pero no idénticos.
