Un inconveniente habitual en estas superficies terrestres es la falta de agua potable.
Además, los ciclones tropicales pueden ayudar a construir o destruir estas islas.
A esto se suma que se desconoce con certeza cuántos años poseen los cayos en cuanto a su formación actual para tomar decisiones conservacionistas al respecto.
Los cayos suelen tener mayor variedad de insectos y reptiles que las islas normales.
Así, en muchos proyectos se incentiva una interacción respetuosa con el ambiente, como son el buceo contemplativo y las excursiones ecológicas.