Valdés aparece en un momento crucial, acercándose a toda vela en medio de la espesa niebla.
Salvemos al Trinidad o perezcamos todos dice a su gente, y un ¡Viva el Rey!
Durante los dos años siguientes Valdés hizo dos salidas con la escuadra en persecución de fuerzas del enemigo bloqueador.
La injustificable agresión británica a cuatro fragatas españolas en el cabo de Santa María provocó de nuevo la guerra con el Reino Unido, y a petición propia Valdés se hizo cargo del mando del Neptuno, ahora perteneciente a la escuadra del teniente general Domingo Pérez de Grandallana, que se armaba en Ferrol a fines de 1804.
Contra ellos se lanzó Valdés, pero el heroísmo del comandante del Neptuno no logró su objetivo de salvar al Santísima Trinidad ni al Bucentaure.
Los marinos españoles tenían bien presente la máxima de que: en un día de combate, no está en su puesto el capitán que no está en el fuego.
Esta arribada fue muy criticada por los franceses, lo cual es precisamente un galardón para Valdés, que fue quien la dispuso.
Con las abdicaciones de Bayona y por la gran influencia que ejercía cerca del gobierno de Joaquín Murat, general en jefe del ejército francés, Valdés fue depuesto y residenciado.
Con la reimplantación del absolutismo, Valdés fue confinado en el Castillo de Santa Bárbara.
Acudió esta vez en su ayuda su anciano tío Valdés y Bazán; se le concedería el perdón a condición de que se doblegase a pedir clemencia al rey, pero Valdés no quiso hacerlo por considerarse libre de toda culpa.
Al negarse el rey a trasladarse a dicha plaza, se le incapacitó y, a propuesta del diputado Alcalá Galiano, fue nombrada una Regencia compuesta por los generales de Mar Cayetano Valdés, Gabriel Císcar y el teniente general del ejército Gaspar de Vigodet.
Valdés respondió que, precisamente, mientras el ejército francés y el absolutista español bombardeaban Cádiz, los amenazados con represalias se ocupaban, sólo por lealtad y no por amenazas, de la protección de la real familia y dice: Terminada la tensión de guerra y finalizado el sitio el 1 de octubre, al trasladarse el rey y la real familia al cuartel general francés, Valdés, por ser el oficial de marina más caracterizado, patroneó como prescribe la ordenanza la falúa que condujo a las reales personas al Puerto de Santa María.
De Gibraltar pasó Valdés al Reino Unido, donde vivió diez años, siendo tratado con respeto, caballerosidad y admiración por los que en guerra tanto habían combatido.
(Por entonces se llamaba «divorcio» a la separación matrimonial, con sentencia eclesiástica y sin solución del vínculo).