Fue edificado por los misioneros franciscanos en la primera mitad del siglo XVI y en 1535 se dedicó este recinto a San Bernardino de Siena, santo italiano, y la iglesia se convirtió en uno de los principales templos construidos durante la conquista española.En el interior se pueden apreciar varios retablos laterales dorados, todos estos pertenecen a distintos períodos y estilos.Algunos misioneros franciscanos que llegaron a Xochimilco como fray Bartolomé de Olmedo y fray Francisco de Soto, entre otros, encontraron en Xochimilco un pueblo bien organizado y cooperativo, lo cual le permitió a los religiosos cumplir paulatinamente su labor misionera.A la entrada del templo hay una escultura muy visitada, la imagen de San Judas Tadeo que se encuentra enmarcada por flores y testimonios de agradecimiento por algún favor cumplido, en la actualidad su imagen está protegida con cristales debido al desgaste ocasionado por el contacto físico con los fieles.El recinto es también sede litúrgica de la VIII Vicaría Episcopal “San Juan Bautista” que preside el Sr. obispo Rogelio Esquivel Medina, y entre sus clásicas tradiciones resalta la adoración del “Niño pan”, que domingo a domingo fortalece la unidad de los fieles.
