Posteriormente, le correspondería al obispo Francisco Marroquin (primer obispo de Guatemala, y quien visitó la entonces provincia de San Salvador en varias ocasiones, incluyendo una en 1550 para ver la factibilidad de fundar un convento dominíco) nombrar al párroco para la población.

[1]​[2]​[3]​ El primer templo parroquial de la localidad, que sería conocido como la parroquia central, se construyó en el lugar donde hoy está la catedral de Santa Ana.

[8]​ La imagen de la patrona sería un obsequio enviado desde España por un hermano del obispo Villalpando.

[12]​ Sin embargo, en ese momento muy probablemente solamente se le hicieron arreglos estéticos, ya que posteriormente se le harían varias reparaciones hasta que 1881 el párroco Miguel Rosales decide reconstruir por completo la fachada de la parroquia (haciendo que está pierda por completo su aspecto colonial).

Por esto, el poder ejecutivo pidió a la Asamblea la autorización para sepultar su cuerpo en la catedral, y el 19 de enero de 1953 la Asamblea Legislativa autorizó que sus restos sean sepultados en la catedral.

Por otro lado, la catedral de Santa Ana tiene en total 28 imágenes o estatuas, 4 confesorios, 118 bancas y 51 lámparas.