En 1805, se terminó de construir una primera iglesia en el mismo lugar en la que hoy esta la catedral.

En 1947 el templo San Juan Bautista de Jinotega, fue declarado Monumento Nacional Histórico por decreto legislativo.

En 1952 comienza labor como párroco de la iglesia Monseñor Rubén Baltodano y Alfaro, teniendo como tarea la reconstrucción del templo parroquial cuyas obras terminaron en 1958.

Esta construcción fue muy controvertida, ya que algunas personas se oponían a la idea de la nueva edificación.

El padre Baltodano, trajo desde España en 1956 el retablo que simula una fachada neoclásica Renacentista, aunque desfigurando los adornos y exageraciones del estilo Churrigueresco, propios del arte religioso español y que actualmente resguarda a San Juan Bautista.

Tiene arte y arquitectura colonial, es semejante a la Catedral de San Pedro (Matagalpa), pero en dimensiones más pequeñas.