Su construcción comenzó cerca del año 1200 y fue consagrada por el obispo Peder Vognsen, con la advocación de San Clemente, el santo patrón de los marineros, bastante venerado en los países nórdicos durante la Edad Media.
Esta primera iglesia, finalizada hacia 1300, era de un típico estilo románico.
En 1330, la catedral se incendió, y por ello permaneció abandonada hasta finales del siglo XIV.
Entonces, el arte gótico ya había llegado a Dinamarca y la catedral fue reconstruida en ese estilo, quedando lista en su aspecto actual en el año 1500.
Varias lápidas de la cripta son autoría del escultor flamenco Thomas Quellinius.