Está considerado como uno de los ornitólogos estadounidenses más importantes, puesto que describió 198 aves que no habían sido previamente mencionadas por Alexander Wilson ni por John James Audubon.

Las obras más conocidas de Cassin son Illustrations of the Birds of California, Texas, Oregon, British and Russian America (1853-56), y Birds of North America (1860), escrito junto con Spencer Fullerton Baird y George Newbold Lawrence.

Su salud se vio muy alterada por los días de la Guerra civil.

Además el arsénico, manipulado para conservar los especímenes de aves, y como a otros ornitólogos de su época, con terribles consecuencias : muere con 55 años.

La abreviatura Cassin se emplea para indicar a John Cassin como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.