Caso del informe sobre el ácido bórico

Las supuestas conexiones con ETA nunca fueron probadas ni llevadas ante la justicia (véase Teorías de la Conspiración).[5]​ Respecto al motivo por el que se introducía una observación que aparentemente no tendría ver con los hechos, en el momento de la elaboración del informe, el 95 % del sumario era secreto y por ello, tanto el perito como el resto de integrantes de la unidad, no podían saber si constaban o se estaban investigando posibles conexiones con los hechos citados o si se había intervenido algún manual sobre el uso de ácido bórico como conservante de explosivos orgánicos, siendo el juez, que era quien centralizaba la investigación, el que debería valorar si la coincidencia era relevante o no.Al negarse estos a modificar su informe, se reasignó el análisis a sí mismo (cambiando la solicitud de Estudio, análisis e informe pericial a análisis), produciendo un informe que simplemente recortaba los resultados del anterior (debido a que en el primer análisis se gastó parte de la muestra, no pudo analizarla recepcionando la misma cantidad), y eliminaba las tres primeras observaciones (donde aparecía la referencia a ETA) y es el que se envió al juez instructor de caso, a pesar de que la Ley de Enjuiciamiento Criminal establece que los informes deben ir firmados por dos peritos.[9]​ El juez Baltasar Garzón imputó a los peritos Manuel Escribano, Isabel López y Pedro Manrique.[12]​ La secretaria judicial, presente durante la declaración para dar fe pública de todas las incidencias ocurridas, así como los dos fiscales, también presentes, ofrecieron una versión totalmente contraria de lo que ocurrió durante la declaración.La sentencia argumentó que aunque había indudables irregularidades administrativas, entre las cuales está eliminar la referencia a ETA del informe original, no fueron acreedoras de imputación penal para sus autores.[5]​[22]​[23]​ Según el diario El Mundo y la cadena Cope, el cambio del informe pericial, con el apartamiento de los peritos originales, a que obligó Santano, no era un hecho baladí.