En los primeros años del siglo XVII, la obra estaba parada, a pesar de no haberse acabado la fachada principal.
Podemos considerar tres grandes etapas constructivas: La primera se corresponde con las obras realizadas por Vergara el Mozo; la segunda, con el período en que intervino don Jorge Manuel Theotocópuli, y la tercera, con los últimos años del siglo XVII y primeros del siguiente, en que actuó Teodoro de Ardemans.
En la tercera planta, Jorge Manuel cambia los arcos herrerianos por un gran balcón, introduciendo grandes aberturas rectangulares, y reduce la altura de este piso, por lo que el aspecto general del edificio se hace achaparrado.
La planta en la actualidad ocupa toda la manzana y cuenta con un patio central en torno al cual se distribuyen las diversas oficinas.
Detrás de esta puerta, en la segunda planta, se encuentra la sala alta capitular, abovedada, que tiene a los pies un pequeño oratorio barroco rematado con cúpula.
En esta misma planta, en la fachada sur, se conservan tres habitaciones que debieron pertenecer al antiguo edificio y hoy albergan el Archivo Municipal.