Esta nueva edificación se inspiró parcialmente en una casa palaciega propiedad de Diego Colón, hijo mayor de Cristóbal Colón, adquirida para su residencia familiar en 1509 en la isla de Santo Domingo, en estilo gótico isabelino con una ventana en la esquina.

En un arco lateral del jardín se instaló la placa de 1866.

Posteriormente se colocaron el en el jardín una reproducción en hierro de la nao Santa María y un busto del descubridor vallisoletano Juan Ponce de León.

Asimismo, se realizaron modificaciones estructurales en el jardín.

Se guarda también en el museo un boceto parcial del monumento que la República de Panamá encargó a Mariano Benlliure en 1929 para ensalzar la figura de Simón Bolívar.