[2]​ Su ámbito de investigación son los procesos catalíticos en síntesis orgánica.

Su labor investigadora actual está centrada, sobre todo, en catálisis asimétrica, utilizando catalizadores quirales que permitan llevar a cabo reacciones que conduzcan a un único enantiómero.

Ha impartido más de 150 conferencias en congresos e instituciones nacionales y extranjeras.

[6]​ Carmen Nájera es una de las científicas más citadas en el ámbito internacional en su campo y ha obtenido numerosos premios y reconocimientos a nivel internacional.

[9]​ En 2014 el Ilustre Colegio Oficial de Químicos de la Comunidad Valenciana le concede la Medalla al Mérito Profesional Gascó Oliag[10]​ En 2015 fue galardonada con el Premio Internacional IUPAC 2015 Distinguished Women in Chemistry or Chemical Engineering Awards.