Los comienzos de Carlos Sánchez Aguiar como técnico tuvieron como escenario al Club Deportivo Toledo, al que se incorporó en 1991 como integrante del equipo dirigido por Emilio Cruz como segundo entrenador y preparador de porteros.
Las dos siguientes temporadas mantuvo dicho puesto como colaborador de Gonzalo Hurtado.
[2] La temporada 1997/98 dirige al filial rojiblanco, el Atlético de Madrid "B" en Segunda División.
[3] La siguiente temporada (1998/99) también la inicia en el filial, si bien abandona el cargo para dirigir al primer equipo a partir de la Jornada 23 en sustitución de Arrigo Sacchi.
Se mantendrá al frente del Atlético de Madrid durante cinco jornadas, hasta que Radomir Antić vuelve a situarse al frente.