La familia se mudó a los Estados Unidos desde la República Dominicana cuando Peña tenía 12, inicialmente viviendo con uno de sus tíos.

Como jugador colegial, compitió en la Cape Cod Baseball League, presentando la liga entre los mejores amateurs prospectos todos los veranos.

Peña comenzó su carrera profesional en 1998, jugando para tres afiliadas diferentes de los Rangers.

Peña fue promovido al equipo de Doble-A, Tulsa Drillers en el año 2000.

Puso un fuerte desempeño en sus 138 partidos jugados, bateando .299 con 28 jonrones y 105 carreras impulsadas.

Jugó en 119 partidos para los Redhawks en los que bateó para .288 con 23 jonrones y 74 carreras impulsadas.

Los Tigres lo habían adquirido debido a una lesión de final de temporada sufrida por su bateador designado Dmitri Young y el primera base al mismo tiempo del intercambio.

Se perdió casi un mes en junio, por una distensión en la pantorrilla izquierda.

Después de jugar en 40 partidos en los que bateó para .181 con tres jonrones y 14 impulsadas, Peña fue degradado al equipo Triple-A, Toledo Mud Hens.

En los entrenamiento de primavera en 2006, Peña bateó apenas .160 con un jonrón y remolcó cuatro en 17 partidos para los Tigres.

Mientras que con los Tigres, Peña bateó el jonrón más largo de su casa en el Comerica Park entre las gradas del jardín derecho y el central, la pelota tomó un rebote y salió del estadio.

El jonrón fue bateado hacia la parte más profunda del estadio.

En agosto, Peña ejerció una cláusula en su contrato y se convirtió en agente libre.

Peña estuvo en el roster activo de los Rays durante toda la temporada 2007.

Peña se puso caliente en mayo, bateando .356 con seis jonrones y 15 carreras impulsadas como un jugador regular y los Rays lo colocaron como primera base titular para el resto de la temporada.

Peña llegaría a tener la mejor temporada de su carrera en 2007 y estableció numerosas marcas personales.

Su promedio de bateo, jonrones, y carreras impulsadas fueron récords personales en su carrera, así como partidos jugados (148), turnos al bate (490), carreras anotadas (99), dobles (29), bases totales (307), porcentaje de embasarse ( 0.411), porcentaje de slugging (.627), bases por bolas (103) y ponches (142).

Fue segundo en la Liga Americana en jonrones después de Alex Rodríguez (54).

Aunque su equipo no avanzó a los playoffs, la temporada de Peña lo llevó a ser nombrado el Comeback Player of the Year de la Liga Americana y fue considerado como candidato al Jugador Más Valioso de la Liga Americana.

[4]​ Peña conectó un jonrón por cada 15.8 turnos al bate, la proporción más alta de los Rays.

[10]​ Regresó a su número de uniforme #23 que tenía en su anterior militancia con Tampa.

Se espera que sirva como bateador designado del equipo en su temporada inaugural de la Liga Americana.