Durante su carrera ha jugado para los Pittsburgh Pirates, Baltimore Orioles, Tampa Bay Rays, Kansas City Royals, Toronto Blue Jays, Atlanta Braves, New York Mets y Philadelphia Phillies.

Su padre, Américo Bautista, se dedicaba a la avicultura, y su madre, Sandra Santos, se dedicaba a la contabilidad y la planificación financiera.

Él estudió administración de empresas en la Pontificia Universidad Católica Madre y Maestra.

También estuvo técnicamente en el roster de los Mets de Nueva York tras ser adquirido desde los Reales y cambiado a los Piratas el mismo día.

[11]​ Esto lo convirtió en el primer y único jugador en pertenecer a cinco rosters diferentes de Grandes Ligas en una temporada (más específicamente, su temporada de novato).

En 2006, su primera temporada completa con los Piratas, Bautista bateó .235 con 16 jonrones y 51 carreras impulsadas.

Tomó el lugar del campeón de bateo Freddy Sánchez, quien se mudó a la segunda base.

[13]​ Bautista comenzó la campaña de 2010 como el jardinero derecho titular y primer bate.

[19]​ Bautista continuó su dominante bateo el 30 de julio, cuando conectó un grand slam contra el lanzador de los Indios, Justin Masterson, su 31 jonrón del año, y el segundo grand slam conectado por un bateador de los Azulejos en esa temporada.

También conectó cuatro jonrones, y al hacerlo, Bautista se convirtió en el único jugador de los Azulejos en ganar el premio tres veces en una temporada.

También terminó empatado en segundo lugar con 23 carreras anotadas y fue tercero con 23 bases por bolas.

[28]​ Bautista es el primero en llegar a los 50 desde que Prince Fielder y Álex Rodríguez lo hicieron en 2007.

[29]​ Bautista terminó la temporada 2010 con 54 jonrones, la cifra más alta desde que Álex Rodríguez bateó 54 en 2007.

[34]​ Se esperaba que Bautista jugara el jardín derecho toda la temporada.

Sus 28 paseos rompió un récord del club establecido por Carlos Delgado en 2001, cuando éste tuvo 26 en abril.

[40]​ Este anuncio se produjo el mismo día que se informó que Bautista había sido nombrado el Jugador del Mes de la Liga Americana (en abril) (el tercer jugador en ser elegido para este galardón en cuatro meses).

Es el primer jugador en llegar a 20 jonrones en 2011, así como el jugador más rápido en llegar a 20 jonrones (44 juegos) en la historia de la franquicia.

[45]​ El 23 de junio, el equipo anunció que Bautista estaría jugando la tercera base en lugar del jardín derecho por un período indefinido de tiempo.

Eric Thames fue llamado desde el equipo de Triple-A, Las Vegas 51s para jugar en los jardines.

La justificación del cambio fue para darle al equipo la mejor combinación de bateadores y jardineros capaces en la alineación.

En su primer partido después del Juego de las Estrellas, Bautista se dobló el tobillo deslizándose en la tercera base.

Dos partidos más tarde el 7 de septiembre, frente a los Medias Rojas de Boston, Bautista se convirtió en el primer bateador de 40 jonrones que se roba el home plate desde que Adam Dunn lo hizo en 2004.

[51]​ Bautista, una vez más lideró las Grandes Ligas en jonrones, cosechando así su segundo título consecutivo de jonrones y convertirse en el primer jugador en liderar en años consecutivos desde que Mark McGwire lo hizo en 1998 y 1999 (con 70 y 65 jonrones, respectivamente).

[52]​ Además fue seleccionado como el ganador de la Liga Americana del premio Hank Aaron por segunda temporada consecutiva,[53]​ convirtiéndose en apenas el tercer jugador en la historia del premio, después de Álex Rodríguez y Barry Bonds, en ganar el premio año tras año.

[54]​ jugó en 2004 hasta 2009 en el Licey equipo al cual pertenece aún, muchos fanáticos recuerdan un fatídico home run que conectó frente a los gigantes en la serie final de 2009.