[1]​ Fue presunto heredero de su primo Carlos Teodoro, Elector de Baviera, quien no tenía hijos, a quien sin embargo no sucedió al morir precedidamente.

Carlos era bien conocido en la corte austríaca y María Amalia también estaba enamorada de él, sin embargo, María Teresa no lo consideraba de rango suficiente para casarse con una archiduquesa.

Así que en 1769, María Amalia fue casada con Fernando contra su voluntad.

De esta forma Carlos debió dejar definitivamente la corte, ofendido por la emperatriz.

Su hermana, Amalia de Zweibrücken-Birkenfeld se casó con su cuñado Federico Augusto I en 1775.