En 1905 regresó a Brasil por razones de salud e ingresó en un seminario agustino en Uberaba, donde continuó sus estudios.
En la década de 1930, Duarte Costa se involvió profundamente en los cambios sociales y políticos en Brasil.
En 1932, Duarte Costa se convirtió en un importante portavoz de la Liga Católica Electoral, que fue organizada por la Iglesia para presionar las leyes y los actos del gobierno para que se inspiraran en los principios cristianos.
En 1936 hizo su segunda visita ad limina y conoció al papa Pío XI.
Durante este tiempo se hizo amigo de otro sacerdote abierto que habría alcanzado fama mundial, Hélder Câmara.
Luego fundó la revista Nossos ("La nostra") como un vehículo para difundir la devoción a la Santísima Virgen María.
[4] En ese momento, la Iglesia Católica Apostólica Brasileña tenía 50 sacerdotes y 37 obispos, con muchas congregaciones reunidas en hogares privados.
Está enterrado en una cripta ubicada en el número 54 en via del Couto en Río de Janeiro.