Fue ordenado diácono el 16 de octubre de 1983, en la parroquia Santa Giulia di Caprona, en Pisa; a manos del cardenal-arzobispo Juan Landázuri Ricketts OFM.

[13]​[14]​ El entonces gran canciller nombrado por el Vaticano, el cardenal Giuseppe Versaldi, extendió nuevamente el mandato canónico en 2016 a todos los profesores suspendidos por Cipriani, incluyendo a Castillo.

[17]​[18]​ Es el primer sacerdote diocesano en ser nombrado arzobispo de Lima desde el cardenal Juan Gualberto Guevara, pues sus predecesores pertenecieron a las órdenes religiosas: franciscana (Landázuri), jesuita (Vargas Alzamora), y su predecesor del Opus Dei (Cipriani).

Además de su escudo, escogió como lema la frase «A ti te digo ¡levántate!» (Tibi dico surge).

Es el primer sacerdote en ser ordenado arzobispo y tomar posesión de la sede episcopal de Lima el mismo día desde hacía 111 años, cuando fue consagrado el ya fallecido arzobispo Manuel García Naranjo.

[21]​ En 2024, fue nombrado Gran canciller y, por tanto, presidente de honor, de la Pontificia Universidad Católica del Perú, en reemplazo del cardenal Pedro Barreto Jimeno.