[4]​ Al finalizar dicho mandato y con la asunción del nuevo presidente Luis Alberto Lacalle, fue sucedido en el cargo por Pablo García Pintos.

[5]​ En 1999 fue también asesor contratado con participación del Banco Mundial en el Programa de Fortalecimiento Institucional del Sector Salud en el Ministerio de Salud Pública.

[8]​[9]​Sin embargo, en noviembre de 2005 el juez Luis Charles resolvió no hacer lugar a dicho enjuiciamiento por entender que no se había configurado delito en su accionar,[10]​[11]​lo que fue confirmado en 2006 por un Tribunal de Apelaciones.

[12]​ Balsa se desempeñó como miembro del Trbunal Administrativo de la Organización de los Estados Americanos entre 1990 y 1997, habiendo ejercido la presidencia y la vicepresidencia del mismo.

Contrajo matrimonio en 1970 con María Alicia Cadenas Boix,[14]​con quien tuvo cinco hijos, María, Raquel, Rosina, Ana Inés y Juan Martín Balsa Cadenas.