Su último club fue el Atlético Paranaense del Campeonato Brasileño de Serie A.

En la final, en el Veltins Arena de Gelsenkirchen, marcó el primer tanto del partido.

Posteriormente disputó y ganó en Yokohama la última Copa Intercontinental de la historia, contra el Once Caldas colombiano.

Para la temporada 2007/08, Carlos Alberto fue fichado por el Werder Bremen alemán, firmando un contrato hasta 2011.

El mediocampista carioca fue apartado del equipo a los tres meses, nuevamente por problemas de indisciplina.