También destacó en su labor pedagógica, por la que se le ha considerado el profesor más estimulante de su tiempo.Obtuvo su Doctorado en 1825 y enseñaba matemáticas en Koningsberg desde 1826 hasta su muerte, fue denominado para una cátedra en 1832.Este resultado impulsó enormemente el trabajo en esta área, en particular por Liouville y Cauchy.Introdujo un método de seminario para enseñar a los estudiantes los últimos avances matemáticos.Su padre era un próspero banquero y su hermano mayor, Moritz Jacobi, llegaría a ser un físico eminente.Durante los años en los que permaneció en el Gymnasium destacó también en griego, latín e historia.Como la enseñanza universitaria estaba vetada a judíos, decidió convertirse al cristianismo, tras lo que obtuvo una plaza como Privatdozent.Durante esta época trabajó principalmente en ecuaciones diferenciales y determinantes, estudiando, entre otros asuntos, el concepto que hoy en día se conoce como jacobiano.Al año siguiente, probablemente a causa del exceso de trabajo, su salud empeoró y se le diagnosticó diabetes.Por aquel tiempo Prusia estaba sumida en una grave crisis económica y, pese a que Jacobi había nacido en una familia rica, otro matemático, Dirichlet tuvo que interceder, ayudado por Alexander von Humboldt, ante Federico Guillermo IV de Prusia para que éste ayudara económicamente a Jacobi.