La construcción de la capilla surge en el siglo XIX como una necesidad, para solventar las carencias educativas, religiosas y espirituales que por aquel entonces tenían los habitantes de Isla Canela, ya que vivían en una zona considerablemente apartada de lo que era en la época el núcleo urbano de Ayamonte.
Se conoce de su existencia en esta época ya que a ella acudían miembros de la Junta de Sevilla, así como militares, marineros, operarios y otras personas que en Canela estaban refugiados, cuando dicha junta se instaló en Ayamonte con motivo de la invasión francesa.
En Ayamonte fue disuelta la Academia oficialmente el 11 de febrero.
En 1925 es construida la actual capilla sobre los restos de la antigua, debido al mal estado en el que se encontraba la misma, y fue por estas fechas cuando se trasladó la imagen de la Virgen del Carmen desde una Capilla en La Redondela hasta la Capilla de Canela.
Es la Hermandad que se encarga de celebrar las fiestas en honor a Nuestra Señora del Carmen, así como de su tradicional ofrenda y procesión, en la cual se porta a hombros a la imagen por el estero de Canela.