Fue mandada construir por Álvaro Alfonso de Benavente en 1544.

En 1553 Álvaro de Benavente compró y mandó construir la capilla de la Concepción en la iglesia de Santa María de Mediavilla de Medina de Rioseco, su ciudad natal, encargando a los hermanos Corral de Villalpando su realización.

Destaca su magnífica construcción realizada por Juan del Corral, sus esculturas de yeso policromado de Jerónimo del Corral y el retablo de madera policromada de Juan de Juni.

La reja fue forjada por Francisco Martínez.

La capilla de los Benavente se considera una de las obras más significativas del arte español del Renacimiento, calificada por Eugenio d'Ors como la «capilla sixtina del arte castellano».