Su cabecera cantonal es la ciudad de Puerto Quito, lugar donde se agrupa gran parte de su población total.
Es el único cantón que no tiene frontera con el Distrito Metropolitano de Quito.
La ciudad y el cantón Puerto Quito, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo estipulado en la Constitución Política Nacional.
La Municipalidad de Puerto Quito es una entidad de gobierno seccional que administra el cantón de forma autónoma al gobierno central (Gobierno Autónomo Descentralizado).
El Alcalde es la máxima autoridad administrativa y política del Cantón Puerto Quito.