[2]​ Su alcalde actual para el período 2023 - 2027 es Gabriel Zúñiga.

La ciudad y el cantón Pelileo, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo estipulado en la Constitución Política Nacional.

La Municipalidad de Pelileo es una entidad de gobierno seccional que administra el cantón de forma autónoma al gobierno central.

La municipalidad está organizada por la separación de poderes de carácter ejecutivo representado por el alcalde, y otro de carácter legislativo conformado por los miembros del concejo cantonal.

El Alcalde es la máxima autoridad administrativa y política del Cantón.