El campeón de este torneo fue el conjunto de LDU(Q) volvería a alzarse con el campeonato tras 4 años de sequía ya que su último título lo conquistó en 1961, tras una 1ª etapa floja el conjunto albo mejoraría en las 2 siguientes etapas y dándose el campeonato a su favor tras finalizar en la última fecha de la 3ª etapa con un empate a cero goles ante su inmediato perseguidor el América de Quito que definía el título en esa instancia.
[1] LDU(Q) se coronó campeón del Campeonato Profesional Interandino por quinta vez mientras que América de Quito obtendría su segundo subcampeonato[2] El campeonato Profesional se jugara con el formato de 3 etapas y será de la siguiente manera: Primera Etapa Se jugara un todos contra todos entre los 6 participantes del torneo en partidos de ida dando un total de 7 fechas.
Segunda Etapa Nuevamente se jugara un todos contra todos entre los 6 participantes del torneo en partidos de ida dando un total de 7 fechas.
Estos fueron los 7 equipos que participaron en la Copa Interandina de 1966.
Pts = Puntos; PJ = Partidos jugados; G = Partidos ganados; E = Partidos empatados; P = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; Dif = Diferencia de gol Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol; PB=Puntos de Bonificación