En la Liguilla Final del Primer Regional 1989-I se enfrentarán los 6 equipos clasificados en donde enfrentaran en una liguilla a partido único, y el que obtenga la mayor cantidad de puntos, será el campeón del Primer Regional.

Si dos equipos quedan igualados en el primer lugar con la misma cantidad de puntos, se definirá al campeón en un único partido.

El equipo que obtenga el primer lugar en general de la Liguilla Final clasificará automáticamente a la Copa Libertadores 1990.

El grupo Norte será dividido en 2 subgrupos los cuales serán "A" y "B".

Los equipos se enfrentarán en partidos de ida y vuelta en la que habrá diferencia de goles y el que gane en el resultado global avanzará a la Liguilla Final del Segundo Regional 1989-II.

En la Liguilla Final del Segundo Regional 1989-II los 6 equipos clasificados se enfrentarán, y el que obtenga más puntos será el campeón del Segundo Regional y clasificará automáticamente a la Copa Libertadores 1990.

* Defensor Lima también clasifica a los Play-offs de la Liguilla 1989-II por haber ganado el Torneo Plácido Galindo.