Caipirasuchus fue nombrado por Fabiano V. Iori e Ismar S. Carvalho en 2011, siendo la especie tipo C.

[3]​ En 2018 los investigadores Martinelli, da Silva-Marinho, Vidoi-Iori y Borges-Ribeiro describieron la especie C. mineirus, igualmente con procedencia de la Formación Adamantina.

Por su parte C. catanduvensis fue descrita en 2024 por Iori, Ghilardi, Fernandes y Dias, basándose en restos fósiles del Cretácico superior procedentes de la Formación Adamantina.

[5]​ Caipirasuchus tenía cerca de diez autapomorfias o características únicas.

El hueso dentario de la mandíbula tenía diez dientes en cada lado con dos diastemas separándolos.