Debe su nombre a una pequeña estatua de la diosa Flora, hoy desaparecida, sobre cuyo emplazamiento no existe acuerdo.
Pero según Charles Maurras, que fundó en la primera planta del café el periódico de extrema derecha Action Française en 1908, la estatua se situaba encima de la entrada principal.
Curiosamente, durante la ocupación nazi los militares alemanes no frecuentaban el Flore.
Después de la Segunda Guerra Mundial, Boris Vian anima el lugar.
La asociación liberal Liberté chérie organiza conferencias de forma periódica.