Sin embargo, dado que ambos traicionaron a la República aliándose con los Visconti de Milán (en 1438 y en 1446 respectivamente), el palacio les fue confiscado.

El edificio fue completamente reconstruido en estilo gótico tardío veneciano por el arquitecto Bartolomeo Bon, autor de la Porta della Carta del Palacio Ducal.

Las obras empezaron en 1453 pero el dux no pudo mudarse hasta el año 1457, pocos días antes de morir.

En la segunda planta noble del edificio se organizaron fiestas en ocasión de la Regata Histórica o para festejar a los personajes ilustres que visitaban Venecia.

El nuevo edificio fue construido como domus magna (residencia de la nobleza y palacio de representancia), se extendió hasta el borde del Gran Canal y se sobrealzó con respecto a las demás casas patricias del Gran Canal añadiendo una segunda planta noble.

Esta construcción de tres plantas con ventanal produce una expansión no sólo horizontal sino también vertical del edificio.

En 1936 el rector Agostino Lanzillo llamó a Carlo Scarpa para proyectar la primera Aula Magna de la Universidad y restaurar algunos espacios en el interior del edificio.

La mujer sentada en el centro del fresco representa Venecia y en su mano hay una tabla en la que se puede ver la fachada de Ca’ Foscari.