En la categoría de plata consigue la permanencia dos temporadas seguidas y en 2006 logra terminar cuarto, a sólo dos puntos del Levante UD.Sin embargo, ante la negativa del Ayuntamiento de Murcia de ayudar al club a construir un estadio y una ciudad deportiva, Enrique Pina vende el club al empresario granadino Carlos Marsá que traslada el equipo a Granada.El equipo asciende en 2008 a Segunda División B, donde permanece dos temporadas jugando como Atlético Ciudad marcadas por los problemas económicos y los constantes cambios de estadio entre Lorquí, Totana y Alcantarilla.Gracias a la desparición del Futbol Club Jumilla La temporada 2019-20 fue alterada por la pandemia de COVID-19, quedando suspendida desde la jornada 28 manteniéndose las plazas de ascenso como estuvieran en esa jornada pero suspendiendo los descensos.El CAP Ciudad de Murcia marchaba en ese momento 19º y tenía todas las papeletas para el descenso a preferente pero la decisión de la federación lo hizo salvarse y mantenerse un año más en tercera división.La tercera división fue renombrada a Tercera RFEF debido al reajuste de la Segunda División B en 2 divisiones distintas (primera RFEF y segunda RFEF) y el sistema de competición cambió a uno en 2 grupos distintos y 2 fases diferenciadas en el cual los equipos clasificados en las primeras posiciones jugarían una segunda fase por los ascensos mientras que los equipos en las 2 mitades bajas de la clasificación jugarían la segunda fase por la permanencia.(que a la postre acabaría subiendo de categoría) o el "nuevo rico" Racing Murcia.En esta segunda fase el equipo se mostró muy sólido no perdiendo ningún partido y sumando 4 victorias y 6 empates que le permitieron llegar a la última jornada salvado acabando en una meritoria 3ª plaza.En la temporada 2023-24 al acabar el campeonato desciende a Preferente Autonómica, sin embargo en un primer momento se le dio la plaza del descendido administrativamente Racing Cartagena Mar Menor.En la parte superior aparece un balón de fútbol y rodeando éste el nombre del equipo en letras doradas.En sus primeros años, desde su fundación hasta 2014, el club jugó en el Estadio El Arenal, situado en el barrio de Espinardo.*La temporada 2019-20 fue suspendida por la pandemia mundial de COVID-19 Desde la fundación del club hasta la actualidad Paco Lorca Leo Rueda Alex Salmerón Manu Vidal Plantilla en la web oficial En la temporada 2018/2019 sale a competir el filial del CAP Ciudad de Murcia, Ciudad de Murcia CEPAIM, en Segunda Autonómica.Y así en la temporada 2015/2016 veía la luz el CAP Ciudad de Murcia Adaptado.Un equipo que se caracteriza por aceptar cualquier persona con discapacidad de forma totalmente gratuita.
Panorámica del estadio municipal José Barnés durante un partido del CAP Ciudad de Murcia como local
