El fútbol en Molina de Segura sufrió muchas idas y venidas hasta que en 1971 se federa el Club Deportivo Molinense.

En los años 70' pasó a la historia del fútbol regional por ostentar el record de partidos oficiales sin perder.

Tras varios años sin equipo de fútbol en la localidad, en 1994 se refunda el club adoptando el mismo nombre.

En junio de 2022, el club adquirió la plaza del Archena Sport FC en 3.ª RFEF y comenzó a jugar en dicha categoría; [4]​ [5]​ su lugar en la Preferente Autonómica fue para su nuevo filial.

[1] El Himno Oficial del Unión Molinense es una composición musical creada e interpretada por el cantautor Fran Triguero, con producción a cargo de Miguel Linde.

Este himno tiene como objetivo reflejar la identidad y los valores del club, así como fortalecer el sentido de pertenencia entre sus seguidores.