Bacle cerró su periódico y transfirió la imprenta a un administrador, emigrando a la isla de Santa Catalina, Brasil, donde vivió algo menos de un año, durante el cual trabajó principalmente en reunir una vasta colección de minerales, vegetales y animales disecados o embalsamados y objetos indígenas.

Ese año abrió la Imprenta del Comercio, que puso a cargo de su hijo mayor Augusto Bacle.

La entrega de esa virtual enciclopedia se efectuaba por fascículos por suscripción, mecanismo original para la época.

Es considerado el primer libro ilustrado impreso en un establecimiento litográfico argentino.

Tras publicar El Recopilador, obra similar al Museo e ilustrada con numerosas litografías, de la que alcanza a imprimir 25 números, en octubre de 1836 viajó a Chile obteniendo del ministro Diego Portales un contrato para fundar en ese país la imprenta y litografía del estado.

Vuelto a Buenos Aires para preparar su partida a Chile, el 4 de marzo de 1837 fue detenido en el Cuartel del Retiro al denunciarse su vinculación con Bernardino Rivadavia.

Pese a la intervención de Roger, Bacle permaneció detenido seis meses.

Su prisión y muerte fueron una de las causas aducidas para justificar la intervención francesa.