Luego fundó el Movimiento Regional Independiente Cuenta Conmigo y en el año 1998 postuló como alcalde de Santa, sin embargo, no resultó elegido.

Finalizando los resultados, César Álvarez es elegido como el nuevo presidente del Gobierno Regional de Áncash, siendo el segundo gobernador en la historia, y fue juramentado para el periodo 2007-2010.

Mientras tanto César Álvarez continuó sosteniendo que "todo el escándalo suscitado era fruto de las jugadas políticas de sus adversarios", sostuvo además que estaba sujeto a cualquier investigación que se haga en su contra para lo cual renunció a la campaña de reelección por el gobierno regional.

A éste se le atribuyeron los delitos de homicidio calificado y asociación ilícita para delinquir.

La denuncia comprendía a otras 29 personas incluyendo a Arroyo Rojas, alcalde de Chimbote, funcionarios periodistas, dirigentes de construcción civil y presuntos sicarios.

El mismo Álvarez se halla en prisión preventiva desde 2014, acusado de asesinato y corrupción.

Se trata de la primera sentencia del caso Odebrecht en Perú.